Část 1 - základní systém
1. Ú v o d -
základní vlastnosti a struktura
systému OSTNUCLINE
1.1. Koncepce systému OSTNUCLINE
Jedním z realizačních výstupů výzkumných a vývojových prací, prováděných na Klinice nukleární medicíny Fakultní nemocnice v Ostravě v oblasti fyzikálně-matematických aspektů scintigrafie, je systém OSTNUCLINE (OSTRAVA NUCLEAR LINE) pro matematickou analýzu a komplexní vyhodnocování scintigrafických studií na PC. Tento systém poskytuje rychlé, komplexní a exaktní vyhodnocení širokého spektra scintigrafických studií (zvláště dynamických). Systém byl na ostravském pracovišti budován v týmové spolupráci a realizován postupně na vyhodnocovacím zařízení CLINCOM, GAMMA-11, Amiga-Microsegams a nakonec PC. Osvědčil se v intenzívním klinickém provozu při vyhodnocování mnoha tisíc scintigrafických studií, a to jak na autorském pracovišti, tak na řadě dalších pracovišť u nás i na několika pracovištích v zahraničí. Hlavní snahou při budování tohoto systému bylo dosažení maximální flexibilnosti, obecnosti a komplexnosti vyhodnocování scintigrafických studií, při co největší elegantnosti, nenáročnosti a snadnosti pro obsluhujícího pracovníka.
Vyhodnocování systémem OSTNUCLINE je vytvořeno novým způsobem s koncepcí značně odlišnou od jiných firemních systémů. Již při jeho spuštění můžeme pozorovat podstatně účelnější způsob vyhledávání a přehrávání scintigrafických studií ve srovnání s většinou systémů. Během prohlížení adresářů pacientských studií se nám zobrazují scintigrafické obrazy (formou zmenšeného náhledu) a každou studii si můžeme okamžitě prohlížet (staticky i dynamicky), aniž ji fakticky otevřeme. Bez nutnosti neustálého přecházení mezi různými menu velmi rychle a snadno vyvoláme a ihned zobrazíme požadovanou studii z libovolného adresáře. V kompaktní formě je neustále k dispozici celý "arzenál" příkazů pro zpracování a zobrazování scintigrafických studií, včetně možnosti jejich slovního popisu, vkládání komentářů a vytištění na tiskárnu. Základní menu příkazů je zobrazeno ikonami v horní části obrazovky. Odpovídající příkazy volíme obvyklým způsobem myší (na myši používáme levé tlačítko), příslušné procedury se vykonají a systém se vrací zpět k základnímu menu. Některé složitější procedury (např. "ROI", "Slice", "Curve") mají své vlastní menu (submenu), které se zobrazí na patřičném místě displeje a pomocí něhož myší spouštíme jednotlivé příkazy ovládající chod dané procedury; po skončení procedury toto submenu zmizí a zobrazí se základní menu spolu s výsledkem skončené procedury.
Scintigrafické studie můžeme v zásadě vyhodnocovat buď manuálně nebo automaticky pomocí komplexních programů. Typický postup manuálního zpracování můžeme zhruba popsat asi takto: Vyvoláme scintigrafickou studii (z příslušného adresáře), přičemž se nám zobrazí její první snímek. Můžeme se podívat, kolik tato studie obsahuje snímků, v jaké matici, jaké byly střádací časy jednotlivých snímků, zda je studie statická či dynamická; kromě toho si můžeme přečíst případný (dříve vložený) slovní komentář a tento komentář upravit, doplnit, smazat, vložit nový a pod. (takto upravený komentář zůstává trvale zapsán spolu se studií). Mimo obrazy i do obrazů lze vpisovat textové údaje a různé grafické značky (např. popis obrazů, označení a popis zajímavých struktur v obrazech).
Jednotlivé obrazy pro
fotografování a vizuální či kvantitativní hodnocení
můžeme "ručně" zpracovávat pomocí řady procedur
obsažených v menu. Především můžeme pomocí myši obrazy zvětšovat, zmenšovat a posunovat v libovolném směru po ploše
obrazovky při zachování obvyklých pravidel Windows. Dále
můžeme nastavovat dolní a horní hladinu
(LT/UT) zobrazení a upravovat tak kontrast zobrazení, abychom co nejlépe
viděli požadované struktury. Vizuální zlepšení kvality
obrazu dosáhneme jeho interpolací. Projevují-li se rušivě na
obraze statistické fluktuace, lze je potlačit vyhlazením obrazu "S9" (viz však varovnou
poznámku v příslušném popisu procedury). Lze zvolit
optimální barevnou nebo černobílou škálu *)
pro zobrazení. Obrazy vytvořené na obrazovce lze v kterémkoli
okamžiku graficky vytisknout na černobílou nebo barevnou
tiskárnu.
*) Černobílé zobrazení lze doporučit
zvláště pro fotografování nebo tisk, neboť zaručuje objektivní
vztah mezi distribucí
radioaktivity a hustotou zčernání daného místa filmu či
papíru. Černobílé zobrazení může rovněž napomoci k
objektivizaci vizuálního hodnocení tam, kde přílišné
kontrasty mezi sousedními barvami mohou arteficielně zdůraznit
nevýznamné detaily způsobené např. statistickými
fluktuacemi.
Často bývají potřebné i kvantitativní údaje o distribuci radioaktivity. Pro podrobnější posouzení zobrazených detailů můžeme obrazem vést řezy různé šířky a směru, zobrazovat (ve formě křivek) a kvantifikovat profily distribuce radioaktivity obrazem. Velmi důležité je vyznačování zájmových oblastí "ROI" (Region Of Interest) na obrazech a zjišťování poměrného množství radioaktivity v odpovídajících místech.
Obsahuje-li scintigrafická studie více obrazů (multistatická nebo dynamická studie), můžeme příslušné operace dělat s jednotlivými obrazy zvlášť, nebo současně s více obrazy. Můžeme sumovat více obrazů, což může být účelné např. tehdy, když sečtením dvou nebo více různých obrazů chceme dosáhnout zobrazení více struktur na jednom obraze, nebo když sečtením většího počtu sekvenčních snímků dynamické studie dosáhneme statisticky kvalitnější obraz distribuce radioaktivity. U multistatických nebo dynamických studií je výhodné současné zobrazení většího počtu obrazů na displeji a jejich simultánní úprava, zhodnocení a fotografování.
U sekvenčních dynamických studií je pak velmi důležitým úkonem vytvoření křivek časového průběhu distribuce radioaktivity v určitých místech obrazu. Za tím účelem po předvolbě patřičného kroku a sumování snímků nejprve spustíme proceduru "ROI", v níž na vhodně krokovaných obrazech vykreslíme příslušné zájmové oblasti. Pak pomocí příslušné procedury vytvoříme vlastní křivky časového průběhu radioaktivity v těchto místech, které se zapíší na disk do příslušné SAVE AREA (viz níže). Tyto křivky můžeme zobrazit a dále kvantifikovat a zpracovávat pomocí křivkových procedur - jednotlivé křivky můžeme zobrazovat buď samostatně, nebo spolu s dalšími křivkami, můžeme je interpolovat, vyhlazovat, expandovat nebo komprimovat, provádět s nimi různé aritmetické operace, derivovat a integrovat je, prokládat metodou nejmenších čtverců lineární a exponenciální funkce atd. Můžeme též zjišťovat souřadnice jednotlivých bodů, popř. tyto body modifikovat nebo vkládat body nové. Upravené křivky můžeme zapsat na disk do příslušné SAVE AREA (viz níže) a kdykoli znovu vyvolat a dále s nimi manipulovat. Pomocí těchto operací můžeme křivky jednak zobrazit v graficky optimálním tvaru pro vizuální hodnocení, jednak můžeme získat některé parametry kvantifikující dynamiku studovaného procesu. Např. derivací křivky časového průběhu radioaktivity získáme křivku okamžité rychlosti úniku nebo přírustku radioaktivity, proložením lineární nebo exponenciální funkce stanovíme hodnoty rychlostních koeficientů nebo poločasů dynamického procesu apod. Všechny tyto a mnohé další operace jsou však v precizní formě a patřičném pořadí obsaženy v komplexních programech.
Dalším aspektem charakteristickým pro systém OSTNUCLINE jsou tzv. oblasti úschovy - SAVE AREA. Jsou to určité vymezené paměťové oblasti na disku, do nichž lze uschovávat obrazy (příp. s vyznačenými zájmovými oblastmi) a křivky. Oblasti SAVE AREA jsou číslovány. Máme-li na displeji zobrazen nějaký obraz, který chceme uschovat (např. pro pozdější srovnání s jinými obrazy, nebo se jedná o speciálně upravený obraz), můžeme jej zapsat do některé SAVE AREA (jejíž číslo volíme ze seznamu), včetně jeho příslušných identifikačních údajů. Tento obraz můžeme pak kdykoli vyvolat z příslušné SAVE AREA, zobrazit jej, dále zpracovávat a srovnávat s jinými obrazy z téže nebo z jiné studie nebo z některé SA. Po potřebných manipulacích jej pak případně můžeme uložit do téže nebo jiné SAVE AREA. Současně s obrazy proběhne čtení a zápis křivek do SAVE AREA, pokud jsou tyto křivky vytvořeny. Vhodně upravené křivky (příp. doplněné o nové křivky - např. výsledky derivací, integrací a algebraických operací mezi křivkami, grafy proložených lineárních nebo exponenciálních funkcí a pod.) pak můžeme opět uložit do téže nebo jiné SAVE AREA .
Podrobný popis použití příkazů z menu PROCESSING je v §3.2.
U dynamických a funkčních scintigrafických studií zpravidla nevystačíme s manuálním zpracováním pomocí sekvence příkazů vyvolávaných z menu, ale používáme vyhodnocování automatické pomocí komplexních programů. Tyto komplexní programy, obsahující veškeré manipulace a algoritmy pro zpracování obrazů a křivek podle příslušných matematických modelů studovaného procesu, jsou předem vytvořeny a zapsány na disku pod daným názvem. Spuštěním příkazu "Komplexní program" v hlavním menu PROCESSING můžeme zvolit požadovaný komplexní program, který se spustí a po dokončení vyhodnocování se vrátí do výchozího menu PROCESSING. Podrobný popis komplexního matematického vyhodnocování scintigrafických studií s použitím komplexních programů je náplní druhého dílu této knihy ("Komplexní programy").
1.2. Struktura a instalace systému OSTNUCLINE
Systém OSTNUCLINE se skládá z většího počtu programů a subrutin. Základem je soustava subrutin pro základní ovládání systému, pro komunikaci s datovými strukturami scintigrafických studií, pro vytváření a displej obrazů i křivek a pro jejich matematickou analýzu, pro manipulaci s textovými a číselnými soubory atd. Tyto subrutiny jsou soustředěny v knihovně GAMLIB, jejíž koncepce a struktura bude popsána v programátorské příručce.
S použitím této knihovny je vytvořen systém PROCESSING, skládající se z řady programů pro jednotlivé manipulace s obrazy, křivkami texty atd. Jednotlivé programy se spouštějí myší zvolením příslušné přiřazené ikony v menu. Uvedené procedury jsou rovněž používány ve všech komplexních programech pro vyhodnocování konkrétních typů scintigrafických studií.
Všechny programové části systému OSTNUCLINE jsou na disku nahrány v adresáři VG11 a jeho subadresářích. Pomocné soubory, SAVE AREA, barevné tabulky atd. jsou v adresáři OSTGAM (resp. OST2000) a jeho subadresářích.
Instalace systému OSTNUCLINE 2000 se provádí pomocí instalačního CD, který obsahuje všechny programy, texty, barevné tabulky, prostředky pro nastavení, šablony, demonstrační studie atd. Po spuštění tohoto instalačního CD se nejprve spustí tabulky dialogu (obr.1.2.1-3), pomocí nichž zvolíme jednotlivé aspekty instalace – názvy, cesty, adresáře, editory, jazyk, demo-studie atd. Zde je možno též rozhodnout, zda chceme primární instalaci celého Ostnucline 2000, nebo jen reinstalaci nové verze či porušených souborů. Podle těchto předvolených aspektů pak již instalační program automaticky překopíruje všechny potřebné soubory (obr.1.2.3), nastaví cesty a připraví systém k použití.
Při instalaci, nebo i kdykoli během vlastního používání (viz též §3.1.2), lze zadat název pracoviště (tištěný na výsledkovém protokolu) a též jazyk, v němž bude systém komunikovat; zatím je standardně použita čeština a angličtina, libovolný další jazyk lze realizovat doplněním slovníků používaných výrazů - textové soubory *.lan pro komunikaci programů a předvolená slovní hodnocení *.txt pro výsledkové protokoly (např. rendyn.txt v češtině a rendyn_1.txt v angličtině doplnit o rendyn_2.txt třebas ve španělštině). Možnost práce systému OSTNUCLINE v různých jazycích má význam nejen při jeho používání v různých zemích, ale třebas i pro přípravu přednáškových materiálů např. v angličtině pro mezinárodní sympozia.
Před vlastním rutinním používáním systému OSTNUCLINE doporučujeme jeho odzkoušení a procvičení na několika demonstračních scintigrafických studiích dodaných při instalaci spolu se systémem.
1.3. Hardwarové požadavky systému
Systém OSTNUCLINE pracuje na každém kompatibilním PC, který má dostatečnou kapacitu paměti a grafické možnosti. Minimální hardwarová konfigurace je následující:
operační paměť 4 Mb
disk 40 Mb
grafika Super VGA
myš
grafická tiskárna (např.
HP DeskJet 870-990)
Systém OSTNUCLINE pracuje pod operačním systémem Windows 95-98 (doporučujeme Windows 98), příp. Windows 2000 nebo NT.
2. Získávání scintigrafických studií
Scintigrafická data se z kamery v digitální formě (použití ADC nebo přímo digitální kamery) střádají pomocí akvizičního programu do paměti vyhodnocovacího počítače a zapisují se na diskovou paměťovou jednotku - vzniká scintigrafická studie obsahující deskriptor (v němž jsou uloženy příslušné údaje o studii) a vlastní nastřádané obrazy.
Systém OSTNUCLINE je schopen vyhodnocovávat jak scintigrafické studie pořízené z gamakamery na vlastním zařízení PC (akviziční program DIAG), tak přes konverzní subrutinu i studie pořízené na jiných vyhodnocovacích zařízeních, přičemž data můžeme přenášet po síti nebo disketou. Kromě implicitního adresáře studií na vlastním PC (Mediso-DIAG) lze zvolit i další adresáře - Amiga, InterFile, Picker (podle potřeby mohou být tyto možnosti doplněny i o další systémy, např. Elscint, Sopha, ...). Na PC se systémem OSTNUCLINE lze tedy (po realzaci patřičného propojení) vyhodnocovat scintigafické studie z různých zařízení. Můžeme tak využít především komplexnosti programů pro matematickou analýzu a vyhodnocování funkčních scintigrafických studií, včetně levného tisku kvalitních a komplexních protokolů.
3. Vyhodnocování scintigrafických studií
3.1. Volba scintigrafických studií z adresářů
Před vlastním vyhodnocováním scintigrafické studie (ať již pomocí sledu manuálně vyvolávaných příkazů, nebo pomocí komplexního programu) je třeba nejdříve zvolit a otevřít požadovanou studii zapsanou na disku nebo disketě.
K prohledávání scintigrafických studií a jejich výběru pro vlastní vyhodnocování slouží základní menu systému OSTNUCLINE (obr.3.1.1). Spuštěním ikony ”Soubor” volíme zařízení (disk), z něhož chceme studie vybírat, např. v síťovém provozu. Spuštěním ikony "Study" se zobrazí seznam všech scintigrafických studií zvoleného adresáře. Pomocí kolonky "Výběr" si lze studie roztřídit a zvolit si seznam studií buď podle data pořízení (Dnes, Datum), studie statické, dynamické a studie gatované (ECG) – obr.3.1.2. Kromě toho lze zvolit studie z adresářů jiných zařízení (příkaz "Jiný typ kamery"), jak bylo zmíněno výše.
Jednotlivé řádky seznamu studií prohlížíme pomocí myši, přičemž se nám vpravo automaticky zobrazuje první obrázek studie (obr.3.1.1). Kurzorem pod tímto obrázkem můžeme velmi elegantně (staticky nebo dynamicky - “kinematograficky”) prohlížet všechny snímky studie. Je tím velmi usnadněna orientace v množství nahraných studií - již při vyhledávání v adresáři okamžitě vidíme, o jakou studii se jedná, zda je normální nebo patologická, podařená či nepodařená a pod. Příkazem "Zvol ü " nebo dvojitým zmáčknutím tlačítka myši příslušnou studii definitivně otevřeme. První snímek takto vybrané studie se zobrazí na displeji spolu s menu příkazů pro zpracování studie (§4.2).
Pokud chceme simultánně vyhodnocovat několik studí najednou, použijeme opakovaně příkaz “Další studie - > ” a volíme vždy další požadovanou studii - seznam těchto vybraných studí se nám zobrazuje v dolním rámečku. Jakmile máme předvoleny všechny požadované studie, spustíme “Zvol ü ” a příslušné studie se nám otevřou, sloučí dohromady a my je můžeme simultánně vyhodnocovat jakožto jedinou studii.
Po vyhodnocení studie můžeme opět spustit ikonu "Study", čímž se vrátíme do zvoleného adresáře a můžeme vybrat další studii, příp. zvolíme jiný adresář (“Soubor”).
3.1.1 Přenos, archivace, mazání, ochrana a odesílání studií
K těmto systémovým manipulacím se scintigrafickými studiemi slouží submenu příkazu “Service” (obr.3.1.3). Pomocí příkazu “Přenos studií” přenášíme (kopírujeme) vybrané scintigrafické studie nahrané na zvoleném “Vstupním disku” či adresáři (vlevo na obr.3.1.3) na zvolený “Výstupní disk” či adresář (vpravo). Vstupní a výstupní “disk” či adresář přitom může být na tomtéž počítači, nebo kterémkoli jiném počítači v síti.
Podobným způsobem funguje příkaz “Pošta”, přičemž na místě výstupního “disku” figuruje příslušná tabulka e-mailu, kam se studie automaticky vloží a uživatel jen zadá e-mailovou adresu kolegy na vzdáleném počítači, kam se studie zašle. Lze zasílat celou scintigrafickou studie včetně nebo bez výsledkového protokolu, popř. jen výsledkový protokol. Adresátovi se pak tato zaslaná studie automaticky otevře spolu se systémem OSTNUCLINE 2000 a může ji okamžitě vyhodnocovat, kopírovat, odeslat apod. (viz též odst. “Telenukleární medicína”).
Pro odstraňování (mazání) nepotřebných scintigrafických studií z disků slouží příkaz “Rušení studií”. Po jeho spuštění označíme v adresáři zvoleného disku příslušné studie pro vymazání, potvrdíme je, načež naběhne ještě jednou jejich seznam s otázkou, zda je chceme opravdu odstranit; teprve po kladné odpovědi jsou tyto studie smazány (u Ostnucline 2000 přes “Koš”).
Pro ochranu (protektování) studií před náhodným smazáním slouží příkaz “Ochrana studií”, který zvolené studie opatří atributem ochrany. Při pokusu o smazání takto protektované studie se objeví příslušné upozornění a studie se nevymaže; vymazat takové studie lze jen po jejich předchozím odprotektování opakovaným použitím příkazu “Ochrana studií”.
Manipulace s jednou studií / více studiemi současně: Všechna výše popsané systémové manipulace se scintigrafickými studiemi mohou pracovat ve dvou režimech:
3.1.2 Nastavení systému OSTNUCLINE
Pro nastavení některých společných aspektů činnosti systému OSTNUCLINE slouží panel “Nastavení” obsahující základní submenu podle obr.3.1.4. Zde lze nastavit barvy pozadí a velikost displeje, způsob editace textů a grafické kreslení do obrazů, šablony pro grafickou prezentaci výsledkových protokolů. Dále zde můžeme zvolit jazyk, v němž bude OSTNUCLINE pracovat – samozřejmě za předpokladu, že v textových souborech *.lan máme obsazen překlad používaných výrazů do daného jazyka (a též překlad příslušných standardních textů *.txt vizuálního hodnocení a závěru) – viz též §1.2.
Systém Ostnucline může pracovat na počítačích zapojených v lokální či celoústavní síti včetně návaznosti na Internet. Zde je schématicky znázorněno zapojení takové počítačové sítě na autorském pracovišti. |
3.2. Popis činnosti jednotlivých příkazů
Vyhodnocování scintigrafických studií se provádí pomocí řady příkazů pro manipulaci s obrazy a křivkami, pro jejich úpravy a kvantifikaci. Menu těchto příkazů (obr.3.2.1) je ve formě ikon zobrazeno v horní části obrazovky, příkazy se spouštějí pomocí levého tlačítka myši. V následující části manuálu je stručně popsána činnost těchto příkazů.
EXIT - ukončení zpracování scintigrafických studií
Pomocí příkazu EXIT nebo křížku vpravo nahoře ukončíme zpracování scintigrafické studie a vystoupíme z režimu PROCESSING do úvodního menu.
Soubor - volba zařízení (disku) pro výběr studií
Zde volíme, odkud budeme brát scintigrafické studie pro vyhodnocování – z kterého počítače v síti, či kterého adresáře nebo disku. Vyhodnocování pak probíhá formou sdílení příslušné scintigrafické studie, bez nutnosti přenosů studií.
Study - výběr nové scintigrafické studie z adresáře
Příkazem "Study" ukončíme zpracování stávající scintigrafické studie a zobrazíme seznam studií posledně zvoleného adresáře. Z tohoto adresáře můžeme vybrat další studii pro vyhodnocování.
Komplexní programy - vyhodnocování pomocí komplexních programů
Po spuštění příkazu "Komplexní program" se nejprve nabídne menu jednotlivých programů pro komplexní matematické vyhodnocování scintigrafických studií. Z tohoto seznamu myší zvolíme příslušný program, který se spustí a po proběhnutí se vrací do režimu PROCESSING. Použití komplexních programů a způsob jejich zařazení do menu jsou popsány v 2.dílu.
T e x t - práce s texty
Příkaz “Text” obsahuje submenu tří příkazů :
LT , UT - dolní a horní hladina odřezání
Příkazem "LT/UT" (Lower Treshold / Upper Treshold) nastavujeme dolní a horní hladinu zobrazení obrazu. Po vyvolání příkazu se na displeji vlevo dole zobrazí dvě řádkové stupnice označené LT a UT. Na těchto stupnicích myší volíme hodnotu dolní a horní hladiny v % maxima v obraze. Implicitní hodnota při prvním spuštění je LT=0, UT=100. Procedura reaguje okamžitě, takže jedeme-li po stupnicích myší se stisknutým levým tlačítkem, mění se nám plynule modulace obrazu. V levém políčku se zobrazuje aktuální hodnota LT a UT. Máme-li zobrazeno více obrazů (např. příkazem DI), může LT/UT fungovat buď na jeden vybraný obraz nebo na všechny obrazy (v kolonce “Obraz” volíme buď “Jeden” nebo “Všechny”). Proceduru opustíme pomocí "OK".
Příkaz "IT" (InTerpolate) slouží k vizuálnímu zjemnění obrazové matice pomocí interpolace. Obraz 64x64 se interpoluje na matici 128x128, obraz 128x128 na matici 256x256. Pomocí lineární interpolace se pro každý bod výchozí matice generují a zobrazují 4 interpolované “mezibody”. Interpolaci obrazu zrušíme opětovnou volbou "IT".
S9 - 9-bodové vyhlazení obrazu
Příkazem "S9" (Smooth 9-point) vyhlazujeme stávající obraz za účelem potlačení statistických fluktuací hodnot v jednotlivých místech obrazu. Používá se konvoluční filtr s váhovými koeficienty danými maticí
1 2 1
2 4 2
1 2 1 ,
tj. daný prostřední bod násobený faktorem 4 se sečte s okolními osmi body násobenými příslušnými váhovými faktory, výsledek se vydělí součtem vah (16) a uloží do původního bodu. Tato procedura proběhne pro všechny body obrazové matice. Silnějšího vyhlazení dosáhneme opakovaným použitím procedury S9.
Upozornění: Vedlejším nežádoucím důsledkem vyhlazení je to, že spolu s rušivými statistickými fluktuacemi se mohou zahladit i skutečné jemnější struktury v obraze (druhotné zhoršení rozlišení). Doporučujeme proto opatrné a uvážlivé použití procedury S9.
Color - škály barevného zobrazení
Příkaz "Color" ovládá barevné zobrazení na displeji. Po jeho spuštění se v pravé části displeje zobrazí seznam barevných škál (obr.3.2.2), z něhož myší vybereme požadovanou škálu, která od této chvíle bude určovat distribuci barev, až do další volby pomocí Color. Můžeme zde zvolit i černobílé škály. K vytváření a editaci barevných tabulek slouží speciální program.
Obraz - manipulace s obrazy
Příkaz “Obraz” obsahuje submenu příkazů pro některé manipulace s obrazy (obr.3.2.2).
Pomocí příkazu "AD" zadáváme počet snímků AD, které se nasumují ke stávajícímu snímku frm dopředu a zobrazí se. Máme-li tedy na obrazovce např. snímek frm=1 a vložíme AD 2, pak získáme součet smímků 1+2+3. Při posunutí šipkou o jeden snímek dopředu se pak provede sumace snímků 4+5+6 atd. Nasčítáním několika po sobě jdoucích snímků dynamické studie se zlepší statistická kvalita obrazů na displeji. Při opakovaném spuštění "AD" se sumace provede ze stejné pozice (od stejného obrazu); posunování čísla obrazu provádíme šipkami nebo jezdcem pod obrazem.
Po vyvolání příkazu "Krok" zadáváme číselnou hodnotu kroku, po němž se při krokování šipkami dopředu a dozadu posunují obrazy v sekvenční scintigrafické studii. Implicitní hodnota je Step = 1. Hodnota Step se mění rovněž při volbě sumace po sobě jdoucích obrazů (příkazem "AD"); příkazem "Step" však můžeme následně zadat libovolný krok nezávisle na míře sumace obrazů. Umožňuje to jednak rychlý přehled dynamické studie o velkém počtu snímků (zadáme větší hodnotu Step) bez nutnosti sumace snímků, jednak umožňuje zkvalitnit vizuální vjem kinematografického zobrazování pomocí příkazu "Play" (zadáme větší hodnotu AD a malou hodnotu Step, takže jednotlivé sumované snímky se budou časově překrývat a při "Play" plynule prolínat) - viz níže v popisu příkazu "Play".
® ~ ¬ šipky a kurzor pod obrazem - krokování obrazů ve studii
Pomocí šipek a jezdce zobrazených pod obrazovou maticí posunujeme (krokujeme) vpřed a vzad po sobě jdoucí snímky ve studii a zobrazujeme je. Šipkami se posunuje o Step-snímků a sumuje se (AD+1)-snímků po sobě následujících. Při implicitních hodnotách Step=1 a AD=0 se sekvenčně krokují jednotlivé snímky. Je-li např. frm=2, AD=3, Step=8, při spuštění ® se pointer posune na frm=10 a zobrazí se snímky 9+10+11+12. Jezdec (kurzor) slouží k rychlému "projíždění" scintigrafické studie. Připomínáme, že pokud nechceme použít implicitní hodnotu Step=AD+1, musíme požadovanou hodnotu Step vložit až po aplikaci příkazu "AD". Po spuštění instrukce "FA" zadáme pořadové číslo (frm) snímku, který se zobrazí a stává se výchozím pro krokování a zobrazování pomocí šipek, popř. "AD". Aplikací příkazu "FA" se nastavují implicitní hodnoty Step=1 a AD=0.
BE - návrat k začátku studie
Příkazem "BE" (BEgin) se displej vrátí k prvnímu snímku studie a obnoví se výchozí implicitní podmínky (LT=0, UT=100, AD=1, Step=1, zruší se vyhlazení, interpolace, posun atd.).
ZOOM - plynulé zvětšování a zmenšování výřezu obrazu
Příkaz "ZOOM" umožňuje plynule měnit velikost výřezu obrazu, tj. zvětšení "zoom" v daném rámečku. Na stupnici tohoto příkazu vyznačíme myší stupeň velikosti zvětšení (zoom) obrazu v daném rámci. Procedura reaguje okamžitě, takže jedeme-li po stupnici myší se stisknutým levým tlačítkem, mění se nám plynule příslušná velikost výřezu (zoom) obrazu.
SIZE - velikost obrazu
Pomocí stupnice “Size” měníme geometrickou velikost "rámečku" celého obrazu.
TR - posun obrazu
Příkazem "TR" (TRanslate) posunujeme stávající obraz po ploše rámečku libovolným směrem o libovolnou vzdálenost (matici dimenze dim maximálně o -dim/2 až dim/2 pixlů). Pro posun obrazu jsou k dispozici dvě stupnice pro vodorovný (TH) a svislý (TV) směr. Po ukončení procedury obraz zůstane posunut ve stávající poloze. Proceduru lze libovolně opakovat.
R O I -
z á j m o v é o b l a s t i
Příkaz "ROI" (Region Of Interest) slouží ke spuštění procedury pro vymezování zájmových oblastí na scintigrafických obrazech. Po jeho spuštění se zobrazí následující submenu (obr.3.2.3) :
Křivky - vytvoření křivek
Příkaz "Křivky" slouží k vytvoření křivek časového průběhu distribuce radioaktivity při dané dynamické scintigrafické studii ve vyznačených zájmových oblastech. Příkaz použijeme zpravidla hned po vymezení těchto zájmových oblastí v proceduře ROI. Program přehrává jednotlivé snímky dynamické studie z disku do paměti, pro každý z nich počítá plošné integrály jednak z celého obrazu, jednak z jednotlivých ROI a takto vzniklé hodnoty ukládá do paměti (SA 0). Po ukončení procesu se tyto hodnoty zapíší ve formě křivek, kde na vodorovné ose je pořadové číslo snímku (udává čas od začátku studie), na svislé ose je hodnota sumárního počtu impulsů nastřádaných ve všech pixlech dané ROI. Křivky můžeme uložit do zvolené SAVE AREA a lze je zpracovávat v subrutině "Křivky" (viz níže) nebo příp. dalšími programy.
Příkazem "Exit" ukončíme vyznačování a veškeré manipulace s ROI, opustíme tuto subrutinu a vrátíme se do základního menu "PROCESSING". Obraz spolu s vyznačenými ROI pak můžeme zapsat do SAVE AREA (příkaz "SM" - viz níže), nebo tyto ROI můžeme použít k vytvoření křivek časového průběhu radioaktivity.
DI - zobrazení zvoleného počtu snímků
Po spuštění příkazu "DI" volíme počet (1,2,3,4,6,8,15 ....) po sobě jdoucích snímků dané scintigrafické studie, které se na displeji současně zobrazí v takové velikosti a uspořádání, aby optimálně zaplnily plochu obrazovky. Je přitom respektován krok Step, počet sečtených snímků AD, nastavené hodnoty LT/UT, barevná tabulka, případná intertpolace obrazu (má význam pouze u D1-D4) a vyhlazení příkazem "S9". Používá se pro současné zobrazení buď jednotlivých projekcí multistatické studie, nebo pro zobrazení časové sekvence snímků u dynamické studie. Příkazem “Inf.” se nám obrazy popíší názvy projekcí u multistatické studie (pokud byly při akvizici definovány), nebo příslušnými časovými údaji u dynamické studie.
S l i c e - profily (řezy) obrazem
Příkaz "Slice" slouží ke spuštění procedury pro vytváření řezů (profilů) scintigrafickým obrazem. Po spuštění tohoto příkazu v hlavním menu se zobrazí následující submenu (obr.3.2.4) :
S A - vyvolání obrazu, ROI a křivek ze SAVE AREA
Po spuštění příkazu "SA" (Save Area) se nám zobrazí seznam všech Save Area spolu s identifikátory studií (pacientů) z nichž jsou vždy v dané Save Area uloženy obrazy či křivky. Označením příslušné Save Area myší se nám v ní obsažený obraz, ROI a křivky zmenšeně zobrazí jako náhled. Dvojitým označením myší se tato SA otevře, obrazy, ROI a křivky se přehrají do paměti; obraz se zobrazí přímo, křivky můžeme zobrazit a zpracovávat nástroji menu “Křivky”. Zároveň se otevře příslušná scintigrafická studie z níž obraz nebo křivky v SA pocházejí - lze tedy krokovat snímky této studie, zobrazovat a zpracovávat. (Poznámka: Pokud je studie příslušející k vyvolané SAVE AREA již smazána, objeví se příslušná zpráva na monitoru a zůstává nám otevřena výchozí studie v níž jsme byli před vloženim příkazu "SA").
S M - zápis obrazů a křivek do SAVE AREA
Příkazem "Ulož - SM" (Save Matrix) zapíšeme stávající obraz zobrazený na displeji do SAVE AREA, jejíž číslo volíme ze seznamu, který se objeví. Pomocí příkazu "SM" můžeme do jednotlivých SAVE AREA zapisovat scintigrafické obrazy, ROI a křivky (ať již nativní, nebo vhodně upravené). Pomocí "SA" je pak můžeme vyvolávat, porovnávat, či kvantifikovat . Číslo SAVE AREA může být v intervalu 1 až 50.
C A - přičtení čísla k obrazu
Pomocí příkazu "CA" (Constant Add) se k obsahu všech bodů obrazu přičte číslo, jehož hodnotu zadáváme z klávesnice. Chceme-li vhodné číslo (např. průměrnou hodnotu pozadí/buňku) odečíst, zadáme jeho zápornou hodnotu.
C M - násobení obrazu číslem
Pomocí příkazu "CM" (Constant Multiply) násobíme celý obraz (obsah každého bodu) číslem, jehož hodnotu zadáváme z klávesnice. Tato operace se používá např. při vzájemné normalizaci obrazů na stejné maximum a pod.
SA + - * : - aritmetické operace mezi obrazy
Procedura "SA + - * :" slouží k vykonávání příslušných aritmetic- kých operací mezi dvěma obrazy uloženými v Save Area. Po volbě některého z těchto znaků se v levé dolní části displeje zobrazí příslušný aritmetický předpis, např. pro "+" FRM_ + FRM_ , kam prostřednictvím blikajícího kurzoru z klávesnice vkládáme pořadová čísla SA s příslušnými obrazy: jako první vložíme číslo SA prvního obrazu a pak číslo SA druhého obrazu. Program provede příslušnou algebraickou operaci mezi oběma obrazy (tj. mezi hodnotami sobě odpovídajících bodů - pixlů) a výsledný obraz zobrazí na displeji. Příklad: chceme-li od obrazu v Save Area č.2 odečíst obraz ze Save Area č.3, zvolíme znaménko "-" a do blikajícího algebraického výrazu FRM_ - FRM_ vložíme postupně čísla 2 a 3. Vykoná se operace FRM(SA2) - FRM(SA3), výsledný obraz se zobrazí a je připraven pro event. další manipulace. Pozn.: Oba obrazy pro aritmetické operace musejí mít stejnou dimenzi obrazové matice (64x64 nebo 128x128) ! Celá tato procedura bude zobecněna do formy obrazového kalkulátoru.
Křivky - manipulace s křivkami
Soustava subrutin vyvolávaná příkazem "Křivky" slouží k manuálnímu matematickému zpracování křivek časového průběhu radioaktivity v ROI, obsažených v Save Area (tyto křivky mohou být generovány buď příkazem “Křivky” v menu “ROI”, nebo komplexním programem). Křivky, které chceme zobrazit a zpracovávat, vyvoláme z příslušné SAVE AREA pomocí příkazu "SA", přičemž vložíme číslo SAVE AREA, v níž máme křivky uloženy (byly tam uloženy buď při jejich generaci v menu “ROI”, nebo po zpracování v menu "Křivky" příkazem "SM", popř. komplexním programem). Křivky se přečtou do paměti, zobrazí na displeji a jsou připraveny pro zpracování. Po spuštění příkazu “Křivky” z hlavního menu se zobrazí všechny křivky, tabulka obsahující v každé kolonce číslo křivky, maximální a minimální hodnotu bodů příslušné křivky a submenu s nástroji pro zpracování křivek (obr.3.2.5). Příkaz “Curve” má následující submenu:
P l a y - kinematografické zobrazování sekvence obrazů
Příkaz "Play" slouží ke kinematografickému (animovanému) zobrazování sekvence obrazů dynamických scintigrafických studií. Před spuštěním příkazu "Play" nejprve v základním menu zvolíme počáteční obraz, od něhož chceme studii kinematograficky prohlížet, pomocí "AD" předvolíme požadovanou sumaci obrazů a pomocí "Step" zvolíme krok posunu obrazů ve studii. Čím menší je hodnota Step, tím jemnější a plynulejší je pohyb, čím vyšší je hodnota AD, tím větší je překrytí obrazů a menší statistické fluktuace. Při generaci zvolené sekvence snímků pro playback se též respektují příkazy "LT", "UT", "IT", "S9", "Color". Po spuštění "Play" se vpravo dole zobrazí tabulka se sloupcovou stupnicí, na níž můžeme nastavovat rychlost kinematografického přehrávání. Program potom vždy sečte požadovaný počet AD po sobě jdoucích snímků, zobrazí je, posune o Step-snímků, znovu sečte AD-snímků, zobrazí atd. Toto cyklické přehrávání sekvence obrazů na displeji při vyšší rychlosti činí vizuální dojem plynulého pohybu. Rychlost promítání se volí (v rozmezí od 0 do 25 obrazů/sec.) myší na stupnici tabulky vpravo dole. Aktivací ikony “Stop” v tabulce se promítání zastaví, ikonou “Play” se znavu spustí. Kinematografické přehrávání se úplně ukončí ikonou "Close". Procedura "Play" má jednak didaktický význam, jednak může názorněji a živěji ukázat dynamiku pohybu radioindikátoru při dynamických scintigrafických studiích.
T i s k - tisk obrazu na grafickou tiskárnu
Příkazem "Tisk" vytiskneme obsah displeje v grafickém režimu na černobílou nebo barevnou tiskárnu; lze volit počet výtisků. Tímto způsobem lze tisknout texty, obrazy, křivky či jiné struktury vytvořené na displeji. S výhodou lze použít i v komplexních programech pro tisk zajímavých mezivýsledků - např. výsledků Fourierovské analýzy u ventrikulografie. Příkazem "SaveScr" lze obsah displeje uložit do souboru, který se archivuje u příslušné scintigrafické studie; znovu na displej se pak vyvolá příkazem “Soubor” v submenu “Text - Výsledky programu”. Tímto způsobem si můžeme připravit nejrůznější grafické mezivýsledky, různě zpracované obrazy a křivky atd. pro následné fotografování, tisk, výzkumné či publikační aktivity.
3.3. Komplexní programy
Komplexní programy slouží k automatickému vyhodnocování scintigrafických dat, především dynamických a funkčních studií. Tyto programy obsahují matematické algoritmy pro zpracování obrazů a křivek podle příslušných matematických modelů studovaného procesu, veškeré operace a manipulace plynoucí z dané metodiky, včetně příp. vytištění protokolu výsledků. Komplexní programy jsou vytvořeny v jazyku "C", překládají se a linkují s příslušnými subrutinami z knihovny GAMLIB. Pro použití v systému OSTNUCLINE jsou zařazeny v menu “Klin. Program” které obsahuje seznam komplexních programů. Zvolíme-li v tomto menu požadovaný program, je tento načten do operační paměti a spuštěn, proběhne odpovídající komplexní vyhodnocování a po dokončení se systém vrací do hlavního menu PROCESSING. Činnost a použití jednotlivých komplexních programů je podrobněji popsána v 2.dílu manuálu OSTNUCLINE - "Komplexní programy". Tvorba komplexních programů s použitím subrutin knihovny GAMLIB bude popsána v programátorské příručce systému OSTNUCLINE.
4. Systém OSTNUCLINE 2000
4.1. Koncepce systému OSTNUCLINE 2000
Přes výrazný pokrok ve stylu vyhodnocování scintigrafie, který systém OSTNUCLINE přinesl, je zde několik aspektů, které bylo žádoucí zlepšit a zmodernizovat. Jedná se jednak o některé drobnější programátorsko-systémové chyby, které i přes neustálé zdokonalování systému přetrvávaly, jednak o omezení daná použitým programovacím prostředkem (jazyk C++ Borland).
Z těchto důvodů a hlavně též pro zajištění perspektivy dalšího rozvoje systému v rámci nových a budoucích verzí operačních systémů, autoři vyvinuli novou verzi tohoto systému pod názvem OSTNUCLINE 2000 v prostředí programovacího jazyka Visual C++. Oproti stávající verzi je zde řada zdokonalení, především z hlediska prezentace, standardizace, zlepšení spolehlivosti. Jedná se např. o použití editoru na bázi WORD pro vkládání popisů a vytváření závěrečných protokolů, posílání studií a výsledných protokolů přes Internet, rozšíření možností akvizičních matic do 512´ 512 (s konverzí i 1024´ 1024), rozšíření a zdokonalení zpracování obrazů a křivek, možnost operativního krokování v běhu programů dopředu i dozadu atd.
V následujících odstavcích jsou stručně uvedeny některé změny a doplnění realizované v systému OSTNUCLINE 2000.
4.2. Prohlížení a výběr scintigrafických studií
Byl zdokonalen systém hledání, prohlížení a volby scintigrafických studií (obr.3.1.1-2), včetně přenosu, mazání, ochrany, archivace a dálkového posílání studií.
4.3. Manipulace se scintigrafickými obrazy
Při vyhodnocování multistatických scintigrafických studií (jako je skelet, statické ledviny, plíce atd.) je někdy potřeba změnit původní pořadí, v němž byly obrazy nasnímány (obr.4.3.1a). V původním Ostnucline se požadované pořadí obrazů zadávalo číselně. V systému OSTNUCLINE 2000 měníme pořadí obrazů multistatické studií velmi elegantně tak, že obrázky z kolonky původního pořadí jednoduše myší přesouváme do odpovídajících kolonek nového pořadí (obr.4.3.1b).
4.3. Zájmové oblasti (ROI)
Zdokonalené submenu pro vymezování zájmových oblastí je zachyceno na obr.3.3.3. Během vykreslování ROI lze nejen “projíždět” celou studii a měnit modulaci obrazu (LT/UT), ale i zvětšovat a zmenšovat obraz (zoom), posunovat jej, měnit orientaci, posunovat ROI. Je možno volit barvy pro vykreslování ROI.
4.4. Analýza a zpracování křivek
V systému OSTNUCLINE 2000 jsou opět realizovány a zdokonaleny všechny možnosti zpracování křivek, které byly v systému OSTGAM (avšak z kapacitních důvodů nebyly dopracovány v systému OSTNUCLINE 3.3 a nižší) – viz obr.3.2.5.
4.5. Komplexní programy
V oblasti matematické analýzy a vyhodnocování scintigrafických studií komplexními programy byly udělány jen drobnější úpravy a zdokonalení, související s inovovanými subrutinami systému Ostnucline 2000.
4.6. Textové popisy a výsledkové protokoly
Podstatného zdokonalení doznal v systému OSTNUCLINE 2000 způsob prezentace textových popisů a výsledkových protokolů. Pomocí položky “Nastav” lze zvolit, zda k prezentaci a editaci textových informací (vizuálního hodnocení, závěru) a výsledkového protokolu chceme používat vnitřní editor (zdokonalený editor podobný jako ve verzi Ostnucline 3.3), nebo standardní editor WORD. Zároveň zde zvolíme i šablonu pro výsledkový protokol.
Pro běžnou rutinní práci lze doporučit vnitřní editor, který je rychlý a poskytuje dostatečné možnosti vkládání a editace textů ve formátu RTF, včetně vytištění a archivace výsledkového protokolu v tomtéž formátu (zdokonaleného ve srovnání s verzí 3.3 o možnosti editace).
Zvolíme-li standardní editor WORD, nabíhání textů se poněkud zpomalí, avšak bude k dispozici větší arzenál editačních prostředků. Výsledkový protokol bude pak automaticky ve formátu WORD-dokumentu (soubor typu .doc,) podle předvolené šablony a takto se též bude archivovat. Tento protokol má již všechny standardní možnosti editace, podle předvolené šablony může obsahovat logo či obrázek pracoviště, odkazy na internetové www-stránky a e-mail - tyto odkazy jsou “klikatelné” a umožňují on-line komunikaci v počítačové síti “na dálku” (obr.4.6.1). Při odeslání e-mailem bude tento protokol čitelný na každém PC (viz “Telenukleární medicína”). Do formátu WORD (.doc) lze však dodatečně uvést i protokol vytvořený vnitřním editorem.
Pro rutinní klinickou praxi lze doporučit použití vnitřního editoru v průběhu vyhodnocování scintigrafické studie, a teprve při vytvoření výsledného protokolu kliknutím na položku “WORD” jej v případě potřeby převést do formátu WORD (.doc).
4.7. Telenukleární medicína – vyhodnocování scintigrafických studií na dálku
Hlavní přínos rozvoje počítačové techniky pro nukleární medicínu spočívá nesporně v možnostech exaktní matematické analýzy a komplexního vyhodnocování (kvantitativního+vizuálního) scintigrafických studií. Dále je to rozšíření možností prezentace výsledků vyhodnocení scintigrafických studií (komplexní výsledkové protokoly) a archivace dat s využitím databází.
Rozvoj počítačových sítí v posledních letech nabízí další krok ve směru flexibility a efektivity vyhodnocování scintigrafických studií – vyhodnocování “na dálku”.
Nejčastější způsob vyhodnocování scintigrafických studií můžeme označit jako “místní” – přímo na počítači gamakamery. Propojení počítačů pak umožňuje vyhodnocování i na dalších “blízkých” počítačích v lokální síti pracoviště či ústavu (ať již přenosem studií nebo ještě lépe jejich sdílením). Rozvoj globálních počítačových sítí nakonec umožňuje i skutečné “dálkové” vyhodnocování scintigrafických studií na vzdálených počítačích v jiném ústavu, městě či státě. Jednotlivá pracoviště si takto budou moci předávat zkušenosti, společně formou konzilií řešit složité a sporné případy, metodicky si pomáhat a vzájemně se zastupovat.
V systému OSTNUCLINE 2000 pro matematickou analýzu a komplexní vyhodnocování scintigrafických studií jsou realizovány možnosti elektronického posílání scintigrafických studií i výsledkových protokolů (viz §3.1.1), které uživatelům umožňují snadným a nenáročným způsobem vyhodnocovat scintigrafické studie “na dálku”.
Autoři systému :
Fyzikálně-matematická analýza, |
Systémové programování, subrutiny, manipulace s daty, tisky, sítě : |
|
RNDr. Vojtěch Ullmann |
RNDr.
Aleš Slanina |
|
Klinika
nukleární mediciny |
COMMIT Ostrava |
|
tel. (59) 737 3429 |
tel. 603 411452 |